O Diretor é o órgão de administração e gestão do AEMC nas áreas pedagógica, cultural, administrativa, financeira e patrimonial.
O Diretor é coadjuvado por um subdiretor e por adjuntos, nos termos do artigo 19.º do Decreto-Lei n.º 75/2008, de 22 de abril.

Diretora:
Prof.ª Maria José da Cunha Correia

Subdiretora:
Prof.ª Ana Maria Lopes

Adjunto:
Prof.ª Ana Maria Mendes

Adjunta:
Prof. ª Daniela Moura Santos

Assessor:
Prof. Ramiro Romão